شانزدهمین اجلاسیه خبرگان شهریور ماه سال 93 به دلیل بستری بودن آیت الله مهدوی کنی رییس مجلس خبرگان در بیمارستان توسط نایب رییس اول آیت الله هاشمی شاهرودی برگزار شد،لذا رئیس مجلس خبرگان دو نایب رئیس دارد که در زمان عدم حضور او ، جلسه را هدایت می‌کنند.
آیت الله هاشمی شاهرودی در افتتاحیه اجلاس خبرگان در سخنرانی خود به جهانیان هشدار داد که شمارش معکوس برای محو رژیم صهیونیستی از نقشه جهان آغاز شده و عملکرد دولت تدبیر و امید را مثبت ارزیابی کرد و همچنین حمایت خبرگان رهبری از تیم مذاکره کننده هسته ای اعلام کرد.
گفتنی است محمدرضا مخبر دزفولی دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی با حضور در اجلاس خبرگان رهبری به عنوان مهمان ویژه به ارائه گزارش وضعیت فرهنگی کشور و اقدامات انجام شده و برنامه‌های پیش روی این شورا پرداخت؛ همچنین در اعلام برنامه های شانزدهمین اجلاس خبرگان رهبری از سردار حاج قاسم سلیمانی،فرمانده سپاه قدس به عنوان مهمان حاضر در این اجلاس یاد شده بود که در نهایت علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی به عنوان مهمان روز دوم این اجلاس آخرین تحولات سیاسی، دفاعی و امنیتی را در سطح منطقه و حوزه بین المللی تشریح کرد.
عمده دغدغه های اعضای خبرگان رهبری در شانزدهمین اجلاسیه خبرگان رهبری حول محور مسائل فرهنگی نظیر تهاجم فرهنگی غرب،مسئله حجاب ، برگزاری کنسرت‌ها ،خطر کاهش نرخ رشد جمعیت و تهدید نسل و همچنین موضوعات اقتصادی، بیکاری و خروج نخبگان از کشور بود .
هفدهمین مجلس خبرگان رهبری در حالی خود را برای اجلاسیه اسفند ماه آماده کرد که رییس مجلس خبرگان رهبری در 29 مهرماه 93دار فانی را وداع گفت و با توجه به اینکه هر دو سال یک بار رییس مجلس خبرگان تعیین می شود اعضاء مجلس خبرگان نیازی بر تعیین جانشین برای ریس فقید مجلس خبرگان ندیدند و آن را به اجلاس اسفند ماه موکول کردند.
گمانه زنی‌ها در مورد کاندیداتوری برخی اعضا در انتخابات مجلس خبرگان از جمله حواشی هفدهمین مجلس خبرگان رهبری به شمار می رفت که آیات محمد یزدی، مصباح یزدی، هاشمی شاهرودی و هاشمی رفسنجانی، شخصیت‌هایی بودند که به اعتقاد آیت‌الله موحدی کرمانی احتمال کاندیداتوری‌شان در انتخابات اسفند وجود داشت و حتی به احتمال کاندیداتوری آیت الله جنتی اشاره کرد و گفت:ممکن است آیت الله جنتی از نظر قبلی خود مبنی بر عدم کاندیداتوری منصرف و نامزد تصدی ریاست خبرگان شود.
حضور آیت الله هاشمی رفسنجانی بود از حاشیه های پررنگ انتخابات خبرگان بود که از مهرماه 93 با درخواست‌ها و دعوتنامه هایی همراه شد و جبهه اصلاح طلبان طی بیانیه‌ای از وی برای حضور در انتخابات دعوت کرد و در اسفند ماه تعداد قابل توجهی از اعضای مجلس خبرگان رهبری در نامه‌ای با اشاره به شرایط حساس و خطیر کنونی از آیت الله هاشمی رفسنجانی خواستند بدون توجه به حواشی و موج تخریب هایی که صورت می‌گیرد به عنوان رئیس مجلس خبرگان خودش را نامزد کندوجبهه متحد اعتدالگرایان ایران اسلامی نیز شخصیت آیت الله هاشمی رفسنجانی را مورد اهتمام نخبگان، دانشگاهیان، روشنفکران و مردم دانست و در بیانیه خود از وی دعوت کرد تا در انتخابات ریاست مجلس خبرگان اعلام نامزدی کرده و امید را در جامعه زنده گرداند با این حال آیت الله هاشمی پاسخ صریحی به دعوت ها نداد و تنها با بیان اینکه اگر احساس تکلیف کنم می‌آیم بسنده کردند.
آیات محمد یزدی، هاشمی رفسنجانی، مومن، هاشمی شاهرودی، نامزدهای این دوره انتخابات مجلس خبرگان رهبری بودند که در دور دوم انتخابات رقابت بین آیت الله هاشمی رفسنجانی و محمد یزدی بود که محمد یردی به عنوان رییس مجلس خبرگان رهبری برگزیده شد و پس از برگزاری انتخابات جهت تعیین نواب رییس مجلس خبرگان رهبری آیت الله سیدمحمود هاشمی شاهرودی و آیت الله محمدعلی موحدی کرمانی به ترتیب به عنوان نایب رییس اول و نایب رییس دوم مجلس خبرگان رهبری انتخاب شدند. همچنین آیت الله دری نجف آبادی با و آیت الله سیداحمد خاتمی رأی همچنان به عنوان منشیان هیأت رییسه باقی ماندند.
رییس مجلس خبرگان رهبری پیرامون حضور وزیر امور خارجه گفت: در ابتدای جلسه به آقای ظریف گفتم آنچه باید در غیر رسانه‌ها مطرح شود به اعضا بگوید نه آنچه در رسانه‌ها گفته شده و همه می‌دانند و همین‌طور هم بحث شد و مطابق آیین‌نامه کاملاً سری است، همچنین سردار سرلشکر محمدعلی جعفری فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز دومین روز اجلاس خبرگان در جمع اعضای این مجلس درباره رویدادهای منطقه سخنرانی کرد .
محمد جواد ظریف با اشاره به نامه 47 سناتور آمریکایی به رهبران کشورمان مبنی بر لغو تمامی توافقات در پایان دوره ریاست جمهوری اوباما گفت: در این نوع نامه نگاری که کاری بی سابقه و غیر دیپلماتیک است در واقع به ما گفته می شود که ایالات متحده غیر قابل اعتماد است وچه مذاکرات به نتیجه برسد و چه نرسد ما برنده هستیم .
در این اجلاسه به موضوعاتی نظیر انتخابات آتی مجلس خبرگان رهبری در اسفند ماه سال 94،تحرکات گروه های تکفیری، بیداری ملت عراق در پی دعوت مرجعیت در برابر داعش،ابراز نگرانی از بروز مفاسد اقتصادی و عملکرد دستگاه قضا بحث شد.
