یکی از این موارد که در چند سال اخیر بسیار گریبان این دانشگاه را گرفته، مساله استقلال مرکز آزمون و سنجش و پذیرش آن است.
علیرضا منادیسفیدان، معاون امور مجلس دانشگاه آزاد اسلامی در این خصوص در گفتوگویی با «آنا» عنوان میکند: «نمایندگان مجلس نهم به خاطر برخورد ناصحیحی که صورت گرفته بود موضعگیریهایی به ریاست و مسئولان دانشگاه آزاد اسلامی داشتند؛ این موضعگیری در مقطعی از مدیریت دانشگاه بر اثر سوءمدیریت و عدم استفاده از ظرفیت بهینه و بسیار بالای مجلس شورای اسلامی روی داد و از دانشگاه چهرهای مخدوش به مجلس عرضه کردند، به همین خاطر مصوبهای به نام قانون سنجش و پذیرش به تصویب رسید.»
منادیسفیدان با اشاره به اینکه مرکز آزمون دانشگاه آزاد اسلامی از بزرگترین مراکز آزمون در خاورمیانه به شمار میرفت، ادامه میدهد: «تصویب این قانون باعث شد دانشگاه آزاد اسلامی سالیانه حداقل 80 میلیارد تومان ضرر کند، در حالی که این 80 میلیارد در بین کل واحدهای دانشگاه آزاد اسلامی که آزمون برگزار میکردند توزیع میشد، اما این 80 میلیارد تومان را از دانشگاه آزاد اسلامی گرفتند و این پول اکنون در جیب سازمان سنجش میرود.»